財政部、國家稅務總局《關于企業清算業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕60號）第五條第二款規定，被清算企業的股東分得的剩余資產的金額，其中相當于被清算企業累計未分配利潤和累計盈余公積中按該股東所占股份比例計算的部分，應確認為股息所得；剩余資產減除股息所得后的余額，超過或低于股東投資成本的部分，應確認為股東的投資轉讓所得或損失。
 　除了財稅〔2009〕60號文件中清算股權所得稅處理需要區分股息性質所得與股權轉讓所得之外，其他情形下發生的股權轉讓，應如何處理呢？
　目前，涉及居民企業之間股權轉讓的政策規定有以下3項：
1.《企業所得稅法實施條例》第十一條第二款規定，投資方企業從被清算企業分得的剩余資產，其中相當于從被清算企業累計未分配利潤和累計盈余公積中應當分得的部分，應當確認為股息所得；剩余資產減除上述股息所得后的余額，超過或者低于投資成本的部分，應當確認為投資資產轉讓所得或者損失。 　財稅〔2009〕60號文件第五條第二款與條例上述規定一致。 　
2.《企業所得稅法實施條例》第七十一條第二款及第三款規定，企業轉讓或者處置投資資產時，投資資產的成本準予扣除。投資資產成本為購買價款或該資產的公允價值和支付的相關稅費。 國家稅務總局《關于貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函〔2010〕79號）第三條規定，轉讓股權收入扣除為取得該股權所發生的成本后，為股權轉讓所得。企業在計算股權轉讓所得時，不得扣除被投資企業未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額。
3.財政部、國家稅務總局《關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕59號）對股權轉讓涉及企業重組情形時的處理作了規定。對于股權轉讓時是否要確認轉讓收益，該文件規定，一般重組要將股權處置進行相應股權轉讓或清算的所得稅處理；而特殊重組中，新取得股權的計稅基礎要以其原持有股權的計稅基礎來確定。對交易中的股權支付暫不確認有關資產的轉讓所得或損失的，其非股權支付仍應在交易當期確認相應的資產轉讓所得或損失，并調整相應資產的計稅基礎。
　根據上述規定，企業重組需進行股權轉讓或清算處理時，企業所得稅的處理原則仍應遵從上述清算股權或正常轉讓處置股權的原則。 《企業所得稅法》第二十六條規定，符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益為免稅收入。企業清算與正常轉讓處置股權時，對這部分所得處理的結果是不一樣的。那么，納稅人是否會重復納稅呢？
舉例分析如下。
 例：2008年1月1日，A公司投資200萬元與B公司在境內新設甲公司，A公司占40%股權。假設A公司適用企業所得稅稅率為25%。
 第一種情形：2009年10月31日，A公司將該股權轉讓給C公司，協議轉讓價350萬元。當日甲公司所有者權益累計未分配利潤和累計盈余公積為100萬元。 　

第二種情形：2009年10月31日，因種種原因，甲公司決定清算，當日甲公司所有者權益中累計未分配利潤和累計盈余公積為100萬元。A公司從甲公司分得剩余資產350萬元。
　第一種情形下，A公司股權處置環節應納企業所得稅： 1.直接確定投資轉讓所得或損失為350－200＝150（萬元）。 2.A公司應納企業所得稅為150×25%＝37.5（萬元）。
第二種情形下，A公司股權處置環節應納企業所得稅：
1.先確定股息所得為100×40%＝40（萬元）。
2.再確定投資轉讓所得或損失為350－40－200＝110（萬元）。
3.40萬元股息所得按照稅法規定屬于免稅收入。
4.A公司應納企業所得稅為40×0＋110×25%＝27.5（萬元）。
 上述兩種情形下，A公司的納稅金額差異正是股息性質所得40萬元的處理不同引起的。 《企業所得稅法實施條例》第十七條第二款規定，股息、紅利等權益性投資收益，除國務院財政、稅務主管部門另有規定外，按照被投資方作出利潤分配決定的日期確認收入的實現。應該說，這個規定對理解上述股權轉讓成本不同的確定非常關鍵。
 在清算環節，股東A公司是被清算甲公司累計未分配利潤和累計盈余公積的最終受益者，這部分利潤不再會產生分配環節，按照稅法規定，在這個環節享受股息所得免稅的優惠規定也就在情理之中了。而第一種情形下，甲公司存續期間，受讓方C公司在甲公司對100萬元累計未分配利潤和累計盈余公積作出利潤分配決定的日期，會確認這部分股息收入的實現，同時依據新稅法享受股息所得免稅的優惠規定。如果A公司將該股權轉讓給C公司環節，即將100萬元累計未分配利潤和累計盈余公積中按持股比例確認為股息所得，同一金額兩方重復享受優惠，顯然是不符合稅法規定的。
 　通過上面的分析，居民企業之間股權轉讓成本的認定目前可以按以下幾種情形掌握：
1.正常轉讓處置股權，轉讓收入減除股權投資成本后余額計稅，不區分轉讓所得與利息所得。
2.因清算而處置股權，按財稅〔2009〕60號文件規定處理，區分轉讓所得與利息所得。
3.連續持有居民企業公開發行并上市流通的股票不足12個月時轉讓，與正常轉讓股權相同，不區分轉讓所得與利息所得。 對于股權轉讓涉及企業重組情形的，根據財稅〔2009〕59號文件規定判斷，需要確認股權轉讓所得的，按轉讓收入減除股權投資成本后余額計稅，不區分轉讓所得與利息所得；需要按清算進行所得稅處理的，按財稅〔2009〕60號文件規定處理，區分轉讓所得與利息所得。